1979年（創設と初期の活動）
4月に教会の前身「馬堀ライトハウス・クリスチャンセンター」が、馬堀海岸駅前の古い家屋で始まりました。長年日本での宣教に尽力してきたTEAMの宣教師、ジョン＆メアリー・リード宣教師夫妻の最後の伝道拠点でした。最初は英会話やバイブルクラスが行われ、同年のクリスマス前には駅近くの新築ビルへ移転して、初のクリスマス礼拝を行いました。

1982年〜1983年（教会の歩みの本格化）
1982年9月12日、「馬堀聖書教会」として第1回の礼拝を行いました。翌年には他の教会の会堂を借りて、教会にとって初めての洗礼式も実施しました。

1984年（新会堂の完成）
地域に根を下ろすため、借家ではなく自前の教会堂を持つための活動が実を結びました。2月に現在の教会が完成し、3月18日には感謝と喜びのなかで献堂式を行いました。

1984年〜1986年（徳梅牧師就任と教会の拡大）
1984年から奉仕していた徳梅神学生が、1985年4月に牧師として就任しました。ポール・ブリッジマン宣教師が協力宣教に加わり、リード宣教師夫妻と徳梅牧師のもとで教会員が増加し、1986年10月には羽鳥明先生夫妻を招いて特別伝道集会を開催しました。これにより、それまで婦人会員のみだった教会に男性や若者も加わり、教会は大きく成長していきました。
1986年3月12には、日本同盟基督教団へ加盟しました。

1987年（リード宣教師夫妻の帰国）
約35年間にわたり日本で活動したリード宣教師夫妻が、3月に教会での奉仕を終えました。帰国直前まで徳梅牧師や教会員を熱心に指導し、8月に最後の洗礼式を行った後、9月15日に日本でのリバイバルを祈りつつアメリカへ帰国しました。

1988年
スローン宣教師夫妻が協力宣教として加わり、防衛大学聖書研究会もスタートしました。

1995年
教会墓地が完成。

1998年
第1回教会学校教師任命式が行われ、現在も毎年行われています。

2007年9月9日
創立25周年記念礼拝

2012年9月9日
創立30周年記念礼拝

2015年9月13日
創立33年記念礼拝、徳梅陽介牧師就任30周年

2017年9月10日
創立35周年記念礼拝

2022年9月11日
創立40周年記念礼拝

現在に至る